Jednostki administracyjne podległe rektorowi

• Biuro Rektora
• Biuro Prasowe UJ
• Zespół Radców Prawnych UJ
• Biuro Pełnomocnika Rektora UJ ds. współpracy w ramach Una Europa
• Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego
• Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych
  • Zespół ds. Ochrony Informacji Niejawnych z Kancelarią Dokumentów Niejawnych
  • Zespół ds. Obronnych
• Redakcja miesięcznika Uniwersytetu Jagiellońskiego "Alma Mater"
• Biuro Rzecznika Praw i Wartości Akademickich
• Biuro Inspektora Ochrony Danych
• Biuro Projektów Strategicznych
  • Sekcja ZintegrUJ
  • Sekcja Doskonały Uniwersytet

Jednostki podległe prorektorowi ds. współpracy międzynarodowej

• Biuro prorektora ds. Współpracy Międzynarodowej
• Dział Współpracy Międzynarodowej
• Centrum Dostępności

Jednostki administracyjne podległe prorektorowi ds. rozwoju

• Biuro Prorektora ds. Rozwoju
• Biuro Analiz Instytucjonalnych i Raportowania
• Centrum Informatyki
• Centrum Promocji i Komunikacji

Jednostki administracyjne podległe prorektorowi ds. dydaktyki

• Biuro Prorektora ds. Dydaktyki
• Centrum Wsparcia Dydaktyki
• Uniwersytecki Klub Sportowy

Jednostki administracyjne podległe prorektorowi ds. nauki

• Biuro Prorektora ds. Nauki
• Centrum Wsparcia Nauki

Jednostki administracyjne podległe prorektorowi ds. Collegium Medicum

• Centrum Spraw Personalnych CM
• Zespół Radców Prawnych CM
• Uniwersyteckie Podmioty Lecznicze
• Inspektorat BHP i Ochrony Przeciwpożarowej CM
• Stanowisko ds. Ochrony Danych Osobowych CM
• Jednostki wspólne UJ i CM
  • Sekcja ds. Audytu Wewnętrznego
  • Sekcja Ochrony Informacji Niejawnych i Spraw Obronnych

Jednostki administracyjne podległe prorektorowi ds. polityki kadrowej i finansowej

• Biuro Prorektora ds. Polityki Kadrowej i Finansowej
• Centrum Spraw Osobowych
• Dział ds. Bezpieczeństwa i Równego Traktowania – Bezpieczni UJ
• Zespoły artystyczne (Chór Akademicki UJ Camerata Jagellonica, Zespół Pieśni i Tańca "Słowianki")

Jednostki administracyjne podległe kanclerzowi

• Biuro Kanclerza
• Dział Organizacji
  • Dziennik Podawczy
• Pracownicza Kasa Zapomogowo-Pożyczkowa
• Sekcja Straży Rektorskiej
• Stanowisko ds. bezpieczeństwa
• Studencki Ośrodek Wsparcia i Adaptacji
• Dział Zamówień Publicznych

Jednostki administracyjne podległe zastępcy kanclerza ds. administrowania nieruchomościami

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. administrowania nieruchomościami
• Dział Administracji Kampusu 600-lecia Odnowienia UJ
• Dział Administrowania Nieruchomościami

Jednostki administracyjne podległe zastępcy kanclerza ds. techniczno-inwestycyjnych

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. techniczno-inwestycyjnych
• Dział Eksploatacji
• Dział Remontów
  • Sekcja Usług Remontowych
• Dział Inwestycji Budowlanych
• Sekcja Telekomunikacyjna
• Dział ds. Obsługi Administracyjno-Finansowej

Jednostki administracyjne podległe zastępcy kanclerza ds. ogólnych

• Biuro Zastępcy Kanclerza ds. Ogólnych
• Dział Inwentaryzacji Ciągłej
• Dział Zaopatrzenia
• Inspektorat BHP
• Inspektorat Ochrony Przeciwpożarowej

Jednostki administracyjne podległe zastępcy kanclerza ds. Collegium Medicum

• Dział Organizacji i Promocji CM
• Dział Zamówień Publicznych CM
• Ośrodek Komputerowy CM
• Dział Zaopatrzenia CM
• Dział Zarządzania Majątkiem CM
• Dział Remontów i Eksploatacji CM
• Dział Inwestycji CM

Jednostki administracyjne podległe kwestorowi

• Biuro Kwestora
• Stanowisko ds. analiz i sprawozdań finansowych
• Sekcja ds. Podatków
• Dział Budżetowania, Kontrolingu i Analiz

Jednostki podporządkowane zastępcy kwestora ds. finansowych

• Dział Finansowy
• Dział ds. Weryfikacji i Kontroli

Jednostki podporządkowane zastępcy kwestora ds. rachunkowości

• Dział Ewidencji Majątku
• Dział Księgowości
• Dział Rozliczeń Projektów Krajowych

Jednostki podporządkowane zastępcy kwestora ds. funduszy strukturalnych i programów międzynarodowych

• Dział Rozliczeń Projektów Strukturalnych
• Dział Rozliczeń Projektów Zagranicznych

Jednostki administracyjne podległe zastępcy kwestora ds. Collegium Medicum

• Dział Finansowy i Ewidencji Majątku
• Dział Księgowości
• Dział Rozliczeń Projektowych